Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Microsoft Clip Organizer supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Microsoft Clip Organizer sono .MPF. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Microsoft Clip Organizer. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Microsoft Clip Organizer.
Microsoft Clip Organizer può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Microsoft Clip Organizer e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Microsoft Clip Organizer.