Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Microsoft Flight Simulator 2004 supporta almeno 4 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Microsoft Flight Simulator 2004 sono .R8. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Microsoft Flight Simulator 2004. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Microsoft Flight Simulator 2004.
Microsoft Flight Simulator 2004 può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Microsoft Flight Simulator 2004 e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Microsoft Flight Simulator 2004.