Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Microsoft Virtual PC supporta almeno 11 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Microsoft Virtual PC sono .VHD. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Microsoft Virtual PC. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Microsoft Virtual PC.
Microsoft Virtual PC può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Microsoft Virtual PC e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Microsoft Virtual PC.