Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Microsoft Windows Embedded Studio supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Microsoft Windows Embedded Studio sono .SDI. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Microsoft Windows Embedded Studio. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Microsoft Windows Embedded Studio.
Microsoft Windows Embedded Studio può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Microsoft Windows Embedded Studio e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Microsoft Windows Embedded Studio.