Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. MISO-J supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da MISO-J sono .MD0. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in MISO-J. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da MISO-J.
MISO-J può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite MISO-J e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da MISO-J.