Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. ModelSim Xilinx Edition-III supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da ModelSim Xilinx Edition-III sono .ABL. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in ModelSim Xilinx Edition-III. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da ModelSim Xilinx Edition-III.
ModelSim Xilinx Edition-III può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite ModelSim Xilinx Edition-III e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da ModelSim Xilinx Edition-III.