Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. multi-aff-py supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da multi-aff-py sono .CEL. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in multi-aff-py. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da multi-aff-py.
multi-aff-py può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite multi-aff-py e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da multi-aff-py.