Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. MySQL Enterprise Edition supporta almeno 7 diverse estensioni di file. I file di base supportati da MySQL Enterprise Edition sono .FRM. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in MySQL Enterprise Edition. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da MySQL Enterprise Edition.
MySQL Enterprise Edition può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite MySQL Enterprise Edition e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da MySQL Enterprise Edition.