Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Myst 3 Exile supporta almeno 2 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Myst 3 Exile sono .M3S. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Myst 3 Exile. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Myst 3 Exile.
Myst 3 Exile può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Myst 3 Exile e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Myst 3 Exile.