Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Nautilus-Flac-Converter supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Nautilus-Flac-Converter sono .FLAC. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Nautilus-Flac-Converter. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Nautilus-Flac-Converter.
Nautilus-Flac-Converter può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Nautilus-Flac-Converter e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Nautilus-Flac-Converter.