Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Neopets Puzzle Adventure supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Neopets Puzzle Adventure sono .NEOSAVE. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Neopets Puzzle Adventure. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Neopets Puzzle Adventure.
Neopets Puzzle Adventure può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Neopets Puzzle Adventure e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Neopets Puzzle Adventure.