Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Nisus Writer Pro supporta almeno 4 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Nisus Writer Pro sono .NWCP. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Nisus Writer Pro. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Nisus Writer Pro.
Nisus Writer Pro può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Nisus Writer Pro e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Nisus Writer Pro.