Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Phoenix Bios Mod Tool supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Phoenix Bios Mod Tool sono .SCAP. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Phoenix Bios Mod Tool. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Phoenix Bios Mod Tool.
Phoenix Bios Mod Tool può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Phoenix Bios Mod Tool e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Phoenix Bios Mod Tool.