Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Pretty Good Privacy supporta almeno 11 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Pretty Good Privacy sono .SEC. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Pretty Good Privacy. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Pretty Good Privacy.
Pretty Good Privacy può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Pretty Good Privacy e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Pretty Good Privacy.