Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Proton Plus Compiler supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Proton Plus Compiler sono .PBE. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Proton Plus Compiler. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Proton Plus Compiler.
Proton Plus Compiler può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Proton Plus Compiler e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Proton Plus Compiler.