Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. PUB2ID (Publisher to InDesign) supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da PUB2ID (Publisher to InDesign) sono .INDD. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in PUB2ID (Publisher to InDesign). Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da PUB2ID (Publisher to InDesign).
PUB2ID (Publisher to InDesign) può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite PUB2ID (Publisher to InDesign) e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da PUB2ID (Publisher to InDesign).