Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Quake 4 supporta almeno 5 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Quake 4 sono .SAVE. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Quake 4. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Quake 4.
Quake 4 può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Quake 4 e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Quake 4.