Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Quartus II design software supporta almeno 2 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Quartus II design software sono .VHDL. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Quartus II design software. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Quartus II design software.
Quartus II design software può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Quartus II design software e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Quartus II design software.