Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. ROM Update Utility supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da ROM Update Utility sono .NBH. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in ROM Update Utility. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da ROM Update Utility.
ROM Update Utility può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite ROM Update Utility e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da ROM Update Utility.