Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Sample Cell II supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Sample Cell II sono .SC2. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Sample Cell II. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Sample Cell II.
Sample Cell II può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Sample Cell II e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Sample Cell II.