Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Sequence Alignment and Modeling supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Sequence Alignment and Modeling sono .DIST-RDB. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Sequence Alignment and Modeling. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Sequence Alignment and Modeling.
Sequence Alignment and Modeling può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Sequence Alignment and Modeling e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Sequence Alignment and Modeling.