Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Sequence Alignment and Modeling system supporta almeno 21 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Sequence Alignment and Modeling system sono .DIST. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Sequence Alignment and Modeling system. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Sequence Alignment and Modeling system.
Sequence Alignment and Modeling system può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Sequence Alignment and Modeling system e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Sequence Alignment and Modeling system.