Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Spybot - Search & Destroy supporta almeno 6 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Spybot - Search & Destroy sono .SBS. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Spybot - Search & Destroy. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Spybot - Search & Destroy.
Spybot - Search & Destroy può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Spybot - Search & Destroy e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Spybot - Search & Destroy.