Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. S.T.A.L.K.E.R. supporta almeno 11 diverse estensioni di file. I file di base supportati da S.T.A.L.K.E.R. sono .DB1. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in S.T.A.L.K.E.R.. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da S.T.A.L.K.E.R..
S.T.A.L.K.E.R. può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite S.T.A.L.K.E.R. e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da S.T.A.L.K.E.R..