Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Star Trek: Armada supporta almeno 2 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Star Trek: Armada sono .AID. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Star Trek: Armada. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Star Trek: Armada.
Star Trek: Armada può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Star Trek: Armada e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Star Trek: Armada.