Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Star Trek Online supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Star Trek Online sono .HOGG. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Star Trek Online. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Star Trek Online.
Star Trek Online può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Star Trek Online e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Star Trek Online.