Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Sun Java Studio supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Sun Java Studio sono .PROPERTIES. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Sun Java Studio. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Sun Java Studio.
Sun Java Studio può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Sun Java Studio e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Sun Java Studio.