Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Super Smash Flash supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Super Smash Flash sono .SSFSAV. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Super Smash Flash. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Super Smash Flash.
Super Smash Flash può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Super Smash Flash e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Super Smash Flash.