Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. SWAT 4 supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da SWAT 4 sono .S4M. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in SWAT 4. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da SWAT 4.
SWAT 4 può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite SWAT 4 e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da SWAT 4.