Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Warcraft III: The Frozen Throne supporta almeno 5 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Warcraft III: The Frozen Throne sono .W3X. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Warcraft III: The Frozen Throne. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Warcraft III: The Frozen Throne.
Warcraft III: The Frozen Throne può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Warcraft III: The Frozen Throne e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Warcraft III: The Frozen Throne.