Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Wii Backup Fusion supporta almeno 3 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Wii Backup Fusion sono .ISO. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Wii Backup Fusion. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Wii Backup Fusion.
Wii Backup Fusion può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Wii Backup Fusion e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Wii Backup Fusion.