Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Wing Commander III supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Wing Commander III sono .TRE. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Wing Commander III. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Wing Commander III.
Wing Commander III può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Wing Commander III e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Wing Commander III.