Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Wolfram Research Mathematica supporta almeno 4 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Wolfram Research Mathematica sono .NB. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Wolfram Research Mathematica. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Wolfram Research Mathematica.
Wolfram Research Mathematica può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Wolfram Research Mathematica e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Wolfram Research Mathematica.