Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Xj3D supporta almeno 2 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Xj3D sono .X3D. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Xj3D. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Xj3D.
Xj3D può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Xj3D e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Xj3D.