Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. YGOPro supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da YGOPro sono .YRP. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in YGOPro. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da YGOPro.
YGOPro può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite YGOPro e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da YGOPro.