Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator supporta almeno 4 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator sono .Y3A. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator.
Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator.