Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. ZDoom supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da ZDoom sono .PK7. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in ZDoom. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da ZDoom.
ZDoom può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite ZDoom e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da ZDoom.