Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Zoo Tycoon 2 supporta almeno 3 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Zoo Tycoon 2 sono .DL. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Zoo Tycoon 2. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Zoo Tycoon 2.
Zoo Tycoon 2 può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Zoo Tycoon 2 e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Zoo Tycoon 2.