Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Apple Final Cut Pro supporta almeno 13 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Apple Final Cut Pro sono .CPI. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Apple Final Cut Pro. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Apple Final Cut Pro.
Apple Final Cut Pro può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Apple Final Cut Pro e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Apple Final Cut Pro.