Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Helium Music Manager supporta almeno 19 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Helium Music Manager sono .FLAC. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Helium Music Manager. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Helium Music Manager.
Helium Music Manager può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Helium Music Manager e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Helium Music Manager.