Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. HJSplit supporta almeno 32 diverse estensioni di file. I file di base supportati da HJSplit sono .001. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in HJSplit. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da HJSplit.
HJSplit può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite HJSplit e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da HJSplit.