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Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. ZSNES supporta almeno 22 diverse estensioni di file. I file di base supportati da ZSNES sono .SFC. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in ZSNES. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da ZSNES.
ZSNES può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite ZSNES e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da ZSNES.